瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。質量較好的瓊脂糖強度通常在1200克/cm2以上（1%膠濃度）。瓊脂糖的凝膠性是由存在的氫鍵所致，凡是能破壞氫鍵的因素都能導致凝膠性的破壞。瓊脂糖具有親水性，并幾乎完全不存在帶電基團，對敏感的生物大分子極少引起變性和吸附，是理想的惰性載體。在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲（EEO），電內滲對質點的移動產生影響。質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低，通常在0.2%以下，電內滲比較小，通常在0.13以下。這也就是瓊脂糖比瓊脂貴那么多的原因了。

　　1937年荒木第一次從瓊脂中分離出瓊脂糖，但直到1961年Hjertin首先發現了瓊脂糖優異的使用性能后才引起了越來越多的關注，并開始工業生產。瓊脂糖廣泛應用于臨床化驗、生化分析和生物大分子物質的分離等領域。