1、總離子色譜圖

　　計算機可以將采集到每個質譜的所有離子相加得到總離子強度，總離子強度隨時間變化曲線就是總離子色譜圖，總離子色譜圖的橫座標是出峰時間，縱座標是峰高。圖中每個峰表示樣品的一種組份，由每個峰可以得到相應化合物質譜圖；峰面積與該組份含量成正比，可用于定量。由GC-MS得到的總離子色譜圖與一般色譜儀得到的色譜圖基本上一致，只要所用色譜柱相同，樣品出峰順序便相同。其差別在于，總離子色譜圖運用的檢測器是質譜儀，而一般色譜圖所用的檢測器是氫焰、熱導等，兩種色譜圖中各成分的校正因子不同。

2、質譜圖

　　由總離子色譜圖可以得到任何一種組分的質譜圖。一般情況下，為了提高信噪比。通常由色譜峰峰頂處得到相應質譜圖，但如果兩個色譜峰具有相互干擾，應盡量選擇不發生干擾的位置而得到質譜，或通過扣本底消除其他組分影響。

3、庫檢索

　　得到質譜圖后可以通過計算機檢索對未知化合物進行定性。檢索結果可以給出幾個可能的化合物，并以匹配度大小順序排列出這些化合物的名稱、分子式、分子量和結構式等。使用者可以根據檢索結果和其它的信息，對未知物進行定性分析。目前，GC-MS聯用儀有幾種數據庫。應用最為廣泛的有NIST庫和Willey庫，前者目前有標準化合物譜圖13萬張，后者有近30萬張。此外，還有毒品庫、農藥庫等專用譜庫。

4、質量色譜圖（或提取離子色譜圖）

　　總離子色譜圖是將每種質譜的所有離子加和得到。同樣，由質譜中任何質量離子也可得到色譜圖，即，質量色譜圖。質量色譜圖是由全掃描質譜中提取出一種質量的離子而得到的色譜圖。因此，又稱為提取離子色譜圖。假定做質量為m的離子質量色譜圖，如果某化合物質譜中不存在該種離子，那么該化合物就不會出現色譜峰。

　　一個混合物樣品中可能只有幾個甚至一個化合物出峰。利用該特點可識別具有某種特征的化合物，也可通過選擇不同質量的離子做質量色譜圖，使正常色譜不能分開的兩個峰實現分離，以便進行定量分析。由于，質量色譜圖是采用一種質量的離子作色譜圖。因此，進行定量分析時也需要使用同一離子得到質量色譜圖測定校正因子。

5、選擇離子監測（Selection monitoring，SIM）

　　一般掃描方式是連續改變Vrf，使不同質荷比的離子順序通過分析器到達檢測器，而選擇離子監測則是對選定離子進行跳躍式掃描。采用該種掃描方式可提高檢測靈敏度。由于該種方式靈敏度高，因此，適用于量少且不易得到的樣品分析。利用選擇離子方式不僅靈敏度高，而且選擇性好，在許多干擾離子存在時，利用正常掃描方式所得信號值可能很小，噪音可能很大，但用選擇離子掃描方式，只選擇特征離子，噪音會變得很小，信噪比大大提高。

　　在對復雜體系中某一微量成分進行定量分析時，常采用選擇離子掃描方式。由于，選擇離子掃描不能得到樣品全譜。因此，該種譜圖不能進行庫檢索，利用選擇離子掃描方式進行GC-MS聯用分析時，得到的色譜圖在形式上類似質量色譜圖，但實際上，二者有巨大的差別。質量色譜圖利用全掃描方式得到。因此，可得到任何一個質量的質量色譜圖；選擇離子掃描是選擇了一定m/z離子。掃描時選定哪個質量，就只能有那個質量的色譜圖。如果二者選擇同一質量，那么，用SIM靈敏度要高得多。