黃曲霉盡管種類繁多，但它們基本結構中都有二呋喃環和氧雜萘鄰酮（又名香豆素），前者為其毒性結構，后者可能與其致癌有關。AFT難溶于水、己烷、乙醚和石油醚，易溶于甲醇、乙醇、氯仿、乙腈和二甲基甲酰胺等有機溶劑，分子量為312～346，熔點為200～300℃。AF對光、熱和酸穩定，耐高溫，通常加熱處理對其破壞很小，只有在熔點溫度下才發生分解。在中性、弱酸性溶液中很穩定，pH1～3的酸性溶液中稍分解，在pH9～10溶液中迅速分解破壞。AFT遇堿能迅速分解，pH為9～10時迅速分解成幾乎無毒的鹽，但此反應可逆，即在酸性條件下有復原。因此在食品去毒時可利用這一化學反應。毒素純品在高濃度下穩定，低濃度的純毒素在紫外輻射易分解。5%的次氯酸鈉溶液、Cl2、NH3、H2O2及SO2等均可與AFT起化學反應破壞其毒性。在自然條件下，食品中污染的AF穩定性很強。AFB1嚴重污染的稻谷，室溫下自然存放已有20多年，毒性含量逐漸降低，但仍可檢出AFB1。