酶的命名原則
①習慣命名法
多年來普遍使用的酶的習慣名稱是根據以下三種原則來命名的：一是根據酶作用的性質，例如水解酶、氧化酶、轉移酶等；二是根據作用的底物并兼顧作用的性質，例如淀粉酶、脂肪酶和蛋白酶等；三是結合以上兩種情況并根據酶的來源而命名，例如胃蛋白酶、胰蛋白酶等。
習慣命名法一般采用底物加反應類型而命名，如蛋白水解酶、乳酸脫氫酶、磷酸己糖異構酶等。對水解酶類，只要底物名稱即可，如蔗糖酶、膽堿酯酶、蛋白酶等。有時在底物名稱前冠以酶的來源，如血清谷氨酸－丙酮酸轉氨酶、唾液淀粉酶等。 習慣命名法簡單，應用歷史長，但缺乏系統性，有時出現一酶數名或一名數酶的現象。
②系統命名法
鑒于新酶的不斷發現和過去文獻中對酶命名的混亂，國際酶學委員會規定了一套系統的命名法，使一種酶只有一種名稱。系統命名法以4個阿拉伯數字來代表一種酶。例如α-淀粉酶（習慣命名）的系統命名為α - l,4 - 葡萄糖-4葡萄糖水解酶，標示為：EC 3.2.1.1。EC代表國際酶學委員會，其中的第一個數字分別代表酶的大類，以1，2，3，4，5，6來分別代表，1為氧化還原酶類，3為水解酶類，其余類推。（見酶的分類）。第二個數字為酶的亞類，酶的每一大類下有若干個亞類：如在氧化還原酶中的亞類按供電子體的基團分類，如以CH-OH為電子供體標為1，醛基為電子供體標為2，余類推；轉移酶中以轉移的基團為亞類；水解酶中以水解鍵連接的形式為亞類；裂解酶中以裂解鍵的形式為亞類；亞類一般較多，達數十個。標示中的第三個數字是屬酶的次亞類，是在亞類的基礎上再細分的類型，該次亞類中，氧化還原酶按電子受體基團分類，如都以CH-OH為電子供體的反應，可以有不同的電子受體，如以NAD+或NADP+為受體標為1，余類推；轉移酶的次亞類也按接受基團分類，如以-OH接受轉移基團，該次亞類標為1。總之，酶的系統名稱中前三個數字表示酶作用的方式。第四個數字則表示對相同作用的酶的流水編號。又如對催化下列反應酶的命名。
ATP+D—葡萄糖→ADP+D—葡萄糖-6-磷酸
該酶的正式系統命名是：ATP：葡萄糖磷酸轉移酶，表示該酶催化從ATP中轉移一個磷酸到葡萄糖分子上的反應。它系統命名是：E.C.2.7.1.1，第1個數字“2”代表酶的分類名稱(轉移酶類)，第2個數字“7”代表亞類(轉移磷酸基)，第3個數字“1”代表次亞類(以羥基作為受體的磷酸轉移酶類)，第4個數字“1”代表該酶在次亞類中的排號(D-葡萄糖作為磷酸基的受體)。
