所有能進行放氧光合作用生物都具有PSⅠ和PSⅡ兩個光系統。光系統Ⅰ（PSⅠ）能被波長700 nm的光激發，又稱P700；光系統Ⅱ（PSⅡ）吸收高峰為波長680 nm處，又稱P680。PSⅠ和PSⅡ通過電子傳遞鏈連接，并高度有序地排列在類囊體膜上，承擔著電子傳遞和質子傳遞任務。

　　PSⅡ主要由PSⅡ反應中心（PSⅡ，reaction center）、捕光復合體Ⅱ（light harvesting complexⅡ，LHCⅡ）和放氧復合體（oxygen-evolving complex，OEC）等亞單位組成。其功能是利用光能氧化水和還原質體醌，這兩個反應分別在類囊體膜的兩側進行，即在腔一側氧化水釋放質子于腔內，在基質一側還原質體醌，于是在類囊體兩側建立質子梯度。

　　細胞色素b6f復合體（cytochrome b6f complex，Cyt b6f）是一個帶有幾個輔基的大而多亞基的蛋白，Cyt b6f復合體包含有2個Cyt b，1個Cyt c（以前稱為Cyt f），1個Rieske Fe-S蛋白（RFe-S），2個醌氧化還原部位。Cyt b6f的主要生理功能是：把PQH2（還原態質子醌）中的電子傳給質體藍素（plastocyanin，PC），同時將氫質子釋放到類囊體的腔。由于PQH2的氫質子來源于葉綠體基質，所以這一過程實際是將進行跨膜轉運，建成跨膜質子梯度，成為合成ATP的原動力。Cytb6f復合體的電子傳遞路線是：PQH2將電子轉到Cytb6f后，通過醌循環，把電子再傳給質體藍素，再傳給PSⅠ的P700。?

　　PSⅠ復合體顆粒較小，直徑為11 nm，僅存在于基質片層和基粒片層的非堆疊區。PSⅠ核心復合體由反應中心色素P700電子受體和PSⅠ捕光復合體（LHCⅠ）組成。PSⅠ的功能是將電子從質體藍素傳遞給鐵氧還蛋白。PSⅠ參與的電子傳遞路線是：核心復合體周圍的LHCⅠ吸收光能，通過誘導共振傳遞到P700，然后按順序將電子傳給原初電子受體A0（Chla）次級電子受體A1（可能是葉醌，即vit K1），再通過鐵硫中心（Fe-S），最后交給鐵氧還蛋白（ferredoxin，Fd）。?

　　1）非循環電子傳遞鏈

　　非循環電子傳遞鏈從光系統Ⅱ出發，會裂解水，釋出氧氣，生產ATP與NADPH。非循環電子傳遞鏈過程大致如下：

　　光系統Ⅱ→初級接受者→質體醌→細胞色素復合體→質體藍素→光系統Ⅰ→初級接受者→鐵氧化還原蛋白→還原酶

　　2）循環電子傳遞鏈

　　循環電子傳遞鏈不會產生氧氣，因為電子來源并非裂解水。電子從光系統Ⅰ出發，最后會生產出ATP。循環電子傳遞鏈的過程如下：

　　光系統Ⅰ→初級接受者→鐵氧化還原蛋白→細胞色素復合體→質粒藍素→光系統Ⅰ