暖暖爱视频免费,国产成人涩涩涩视频在线观看,中文在线中文资源,日本亚洲色大成网站WWW久久

關注公眾號

關注公眾號

手機掃碼查看

手機查看

晶體日記(十六)迷惑的手性?

布魯克X射線部門
2023.3.03

271227717bc54437d2455954205f1a40.jpeg


說實話,我一直搞不清分子內部的手性,R/S, L/D...如果不是借助于軟件,我大概率會識別錯。所以不要跟我沒有上過大學化學的人一般見識,討論這些東西還好這并不妨礙晶體學實驗。況且我一直以為手性是個小眾的話題,并不復雜,然而卻總是遇到一些“啼笑皆非”的事情。

我不知道在晶體學教學里,關于Flack系數是如何教學的。Flack x 不知道為什么變成了絕對的數值,甚至變成了是精修的事情。至少好多同學們忽略了這是個有一定不確定度的數值。Flack 值分為兩個部分,Fx and u (uncertainty)。可為什么偏偏是u被忽略呢?90%的同學在提問問題的時候,“絕口不提”關于u的數值。

1
02b47677f80ab961d058f53e0913e12a.png

Flack系數討論

有個同學問我說:“老師,我這個flack 值都已經是0了,為什么審稿人說我沒有確定手性?審稿人這不是無理取鬧嗎?

“這個… 你的不確定度u是多少呢?”
“u是什么?”
“...就是Flack值后面的括號里的數值… 你看下具體是怎么寫的?”
“我找一下… Flack x =??0.0(9)
“這個… 括號里是9,標準差u=0.9,3u=2.7,誤差那么大,你的0有什么意義呢?”
“不懂… 不是x接近于0就行了么?師兄就是這么教的”
“…去書上找找答案吧,書上比你師兄教的好…”
如果我是審稿人,我可能會覺得有些好笑,卻又習以為常。我們的好多教學就是這樣,教了一個概念,卻幾乎沒有解釋這個概念到底是怎么回事。于是就只記住了所謂的關鍵部分,而忽略了真正的重要部分。

無獨有偶,在某論壇里,同樣的問題,居然有那么多的跟帖說可以確定手性,x小于0.3就行,要跟審稿人argue…


2
02b47677f80ab961d058f53e0913e12a.png

科學分析說明

嚴格來說,我們并沒有測定分子的手性,我們測定的是晶體的絕對結構。所以Flack x只是表征了晶體的手性or極性(坐標系,絕對結構),進而我們才去推導分子的手性。XL中的Flack x的計算方法現在也有兩種, classical fit to all intensities 以及selected quotients (Parsons'' method)。此外還有原理上類似的Hooft 方法。既然有這么多方法來幫助判定手性,那么就一定有存在的理由。至于具體數學算法上的事情,那是真正科學家的事情,我等只有看的份。通常情況下好的數據,Flack x ,Hooft y,Parsons z 給出的數值都會站在一邊。然而對于一些測試上沒有過關,質量不好,或者有難度的數據,它們就不一定站在“一邊”了。而問題大多依舊出在u的數值上。

比如這個數據:

Flack x = 0.045(571) by classical fit to all intensities

Flack x = 1.080(999) from 1517 selected quotients (Parsons'' method)

Hooft y: 0.1(9), Flack x: 1.1(10)


乍一眼看去,壞了,兩種答案給出了相反的答案。科學家要打架了。而實際上并沒有那么神奇,它們并沒有出錯,而是在u不靠譜的情況下,任何數值都沒有意義。誤差大了就什么都不可靠了,所以之前提到的多重度也就是這個道理。

有位老師給出了一句特別好玩的評論,分享如下:

When you are living on the edge of the "error" cliff the most likely way you will fall is down. However if Quantum science has taught us anything, then there is a very small chance that you might just fall upward (fly).

不過偶爾我們也會遇到u值很小,但Flack給出相反的答案的情況。比如曾經遇到過的數據:

2ff72995c8ecca16fcb61eeb249afb88.jpeg
出于某種原因,一些軟件讀取的Flack值只有Parsons’ Method 。雖然結構精修會提示哪一種方法給出的更可靠。這時,我們可能會天真的認為這是個手性大部分對的倒反孿晶。然而兩個相反的答案會告訴我們,這個結論完全不成立。而在反轉了結構后,兩種方法才給出了同樣的答案。其實手性是反過來的(時間太久,沒有做好備份..已丟失最后的結果)。
當然有時候只是數據處理的問題,比如孿晶。孿晶拆分前: Flack x = 0.15(25),孿晶拆分后:Flack x = 0.06(9)

不過實話說,對于手性,一直以來我還是狹隘了。雖然概念上確實手性是個立體的概念。但涉及到分子,就狹隘到了手性中心,一時間似乎覺得自己又變成了二維生物無法理解三維世界。后來理解了一旦有原因,造成了某個分子和它的鏡像分子無法重疊。那么這個分子就是手性的。這個原因可以是點,線,面,體;對應著0維,1維,2維,3維。

7273d945fdb3c7fc49c76b6b79ea0b27.jpeg1 基于點、線(軸)、面和體的手性分子?

圖片來源:https://www.zhihu.com/question/340586101



3
02b47677f80ab961d058f53e0913e12a.png

總結

但是不管是什么樣的手性,在晶體里永遠躲不開絕對結構的概念,不然就不能確定手性。至少在我的理解范疇之內,所有的手性都沒有什么區別。所以諸如中心對稱的空間群確定分子的面手性,無異于天方夜譚。所以簡單下來,手性就只是數學上的概念了,知道怎么回事也就不迷惑了。





本文使用權歸布魯克(北京)科技有限公司所有,未經授權請勿轉載。如需轉載,請與工作人員聯系并注明出處。

8ab0fe6d531324a29b4be04c5b744c66.jpeg

文章作者
推薦
關閉