晶體日記（十八）- 從孿晶的squeeze能學到什么

布魯克X射線部門

2023.11.10

各種原因，好久沒更新了，有些疲憊。不過聽了很多老師的話，我還是打算重啟繼續(xù)。不為了改變什么，純粹自娛自樂也未嘗不可。

今天就聊一點輕松的，關于學習方式的話題吧。

關于自動化的感悟

關于自動化，我始終持保留態(tài)度，不管你怎么跟我爭論它有多么“傻瓜”。目前的自動化，我大多看不上眼，因為“自動化”并沒有減輕我的工作量，反而讓我疲于解釋各種基礎的不能再基礎的問題。我理解的自動化的意義應該是讓人從冗繁無意義的重復勞動中解決出來，而不是代替人去做基本的思考和學習。人應該站在比自動化更高的程度上，而不是依賴自動化或者被自動化所控制。不幸的是，在晶體學里，我們有太多的同學們的知識水平甚至沒有超過APEX4/5 -Structure Now。

現(xiàn)在流行的AI也是同樣，我始終堅持它不應該取代人的思考，而應該是促進我們的工作效率，讓我們做事的能力，達到更高的高度。所以我希望的AI是這樣（鋼鐵俠的助手賈維斯）：

而不是這樣：

當然，這條路還很遠，不僅僅是技術層面。因為人人都想要一個賈維斯，但我們卻不是鋼鐵俠。

主動尋找答案

回到晶體學里的話題。舉個例子來說，如果自動化不會拐彎，我們應該怎么來學習新的知識。最近還是不斷有人問我“Squeeze“”的問題，主要集中在遇到孿晶問題，無法Squeeze。我不知道大家對于Squeeze是怎么理解的。曾經(jīng)寫過關于Squeeze的一些常識。但是很多人并不關心常識，總覺得這就是個操作，一鍵完成，有殘余的Q峰就可以Squeeze掉…然而即便是對于操作，也需要認真一點，并不是一招解決所有問題（抱歉，我又忍不住想吐槽了）。我依舊堅持讓所有的學生遇到問題不是卡在那里，四處詢問，而是應該自己尋找答案。而這個答案一直在很明顯的位置…

按照普通的操作步驟，在用Platon進行孿晶的Squeeze時，確實卡住了，會出現(xiàn)下面的話（當然一些軟件里“故意”不顯示后臺的過程，這句話你也許也看不到）：

可是對于很多同學，下面的話卻被選擇性忽略了:

很明顯，PLATON已經(jīng)告訴我們Squeeze所需要的數(shù)據(jù)文件組合形式。對于孿晶，我們需要新的SHELXL\\XL產(chǎn)生的CIF，以及LIST 8 產(chǎn)生的FCF（Structure factor）文件。也就是我們需要將.ins文件中的LIST 指令按照需要去更改。然而問題又出現(xiàn)了，很多同學并不知道LIST指令在哪里，更不要說知道LIST指令的作用是什么了。(不管用的什么軟件，用寫字板可以打開.ins文件這個常識應該是有的…)。具體LIST的指令什么作用？在shelxle里，鼠標放在那里就有解釋，按下F1就直接跳轉(zhuǎn)到了SHELX官網(wǎng)相應的位置，一目了然。（別告訴我你看不懂英語，看別人消化過的二手知識不見得一定是對的，所以我堅持讓同學們自己看，自己悟）。

細究下來，我們會看到LIST 不同的數(shù)字可以產(chǎn)生不同的.fcf文件。一般常用的LIST 4 生成標準的.fcf 文件。LIST 6 產(chǎn)生包含相位的.fcf文件，可用以生成相應的電子云圖。LIST 8 則可以包含de twin的信息。當然官網(wǎng)上只有public 版本的信息，APEX4/5 的結(jié)構(gòu)精修還有專門的LIST 11用于IDEAL精修時產(chǎn)生deformation的電子云圖，展示成鍵電子和孤對電子對電子云的影響。如下圖所示：

這時候，會看起來扯的越來越遠，好像跟Squeeze并沒有什么關聯(lián)了。不過這就是在做一件簡單的事情時，不斷探索的過程。

如果你成功找到了答案，那么通常修改LIST 8是唯一需要做的一個步驟，孿晶的Squeeze和普通單晶數(shù)據(jù)的Squeeze并無差別。然而這里的孿晶數(shù)據(jù)指的是有著標準的孿晶法則的贗缺面孿晶和缺面孿晶（HKL4 and TWIN LAW），以及經(jīng)過恰當孿晶處理的非缺面孿晶的HKL5文件。很多人眼里的孿晶—倒反孿晶or 外消旋孿晶，跟這個并無關系。（至于這些孿晶的分類是怎么回事，那就繼續(xù)去讀關于孿晶的知識吧）。另外很多同學就是不喜歡學習處理孿晶，更喜歡用PLATON給出的非缺面孿晶的“TWIN LAW“”加入到了.ins文件，或者通過一些軟件 (PLATON，OLEX2..)模擬產(chǎn)生了HKL5。且不管精修結(jié)果如何，這時候去做Squeeze大概率會碰到缺失STRUCTURE FACOR無法精修的問題… 這樣的操作本身就是在偷懶，那下一步PLATON也幫不上什么。

我始終覺得這樣的問題，不應該有那么多人來問。答案在很顯眼的位置，通過簡單的摸索就可以找到解決問題的方法，甚至在這個過程中可以學習到很多額外的知識。我不知道未來的AI會把晶體學帶向何處，樂觀的想可能以后會輕松很多，可以省下很多時間學習新的知識。悲觀的想可能以后是不是會失業(yè)，晶體學完全工具化被AI接管。但是不管怎么樣，我始終堅持自主學習的過程遠比直接獲得的答案重要的多。

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